[Hartmann]

Verstehe ich Dich richtig: Du möchtest kene ISO- Dateien, sondern Installationen... Das müsste problemlos funktionieren. Der Bootmanager sollte die vorherigen Installationen auch problemlos erkennen. MBR/GPT kannst Du allerdings nicht auf Partitionen, sondern 'nur' auf ganze Festplatten anwenden. Mit geeigneten Tools kannst Du das jederzeit umstellen.
Je nachdem würde ich einen anderen Weg wählen: Docker, VM...